Fue creado el 25 de julio de 2003 y se desprende del municipio de Jaltenco.
A partir de que Tonanitla pasó a pertenecer como pueblo al municipio de Jaltenco, las administraciones municipales reconocieron el territorio jurisdiccional que le perteneció a Tonanitla como municipio, y como tal paso a ser parte de la jurisdicción del municipio de Jaltenco.
Posteriormente Santa María Tonanitla, como parte integrante del municipio de Jaltenco, Estado de México, obtiene 524 hectáreas de ejido en el año de 1931, de agostadero de la hacienda de Ojo de Agua siendo Gobernador del Estado de México, el C. Filiberto Gómez. Poco después en 1935 recibe 259 hectáreas más como ampliación de su ejido, siendo Gobernador del Estado de México, el C. José Luís Solórzano.
En el año de 1949 las autoridades en funciones expropiaron un lote en el Centro de este poblado, con motivo de la construcción de la Escuela Primaria. La referida expropiación se realizó junto con la de otros vecinos, habiendo manifestado las autoridades que fungían en ese tiempo que, en virtud de que era indispensable una construcción adecuada y estando interesado el pueblo en general en que se dispusiera de una mayor extensión de terreno se veían en la urgente necesidad de recurrir a la buena voluntad de las personas que tenían casas a los alrededores de la antigua escuela.
Como un hecho histórico, pues fue el resultado de una larga lucha, de más de un siglo, de un pueblo por obtener su autonomía, la LIV Legislatura del Congreso del Estado de México emitió los decretos 152, 153 y 154 publicados en la Gaceta de Gobierno de fecha 29 de julio del mismo año, mediante los cuales se crea el municipio de Tonanitla, se agrega al listado que prevé la Ley Orgánica Municipal y se designa su Ayuntamiento provisional.